必须指出的是，由于受到基本工作原理的限制，MBBM消磁系统的效果时常不尽如人意。从时域上来看，无论如何提高控制器的速度，也仍然存在时间差；从磁场传输原理来看，由于磁场强度与信号源（消磁线圈就是一个信号源）距离的平方成反比，反相消磁场强在三维消磁线圈所包围的局部空间内梯度变化很大，而环境场强的梯度往往是比较均匀的，故此，消磁后的合成磁场一般是不均匀的。探测器所在的 a 点位置合成磁场zui小，离开 a 点位置越远消磁效果越差。也就是说，MBBM消磁系统的实际效果往往远不如控制器自己显示的那么好，实际有效空间也远小于三维消磁线圈所包围的空间。
 

　　由MBBM消磁系统的基本工作原理可知，在反相消磁线圈的作用范围内，其场强并不是均匀的。探测器所在位置消磁效果，逐渐远离探测器所在的位置时，就会发现消磁效果逐渐变差，这种不均匀性是主动式消磁器的固有弱点。主动式消磁器的消磁效果以其探测器为中心向外递减，其等强度面为球形。
 

　　由于大多数情况下需要消磁的区域为一个垂直圆柱形，为改进效果可以使用双探测器，一般两个探测器间距 0.5 米～1 米，距离过大效果反而变差，距离过小则效果等同单探测器。